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rebirther
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PostPosted: 31.05.2006, 14:34    QMC@home Reply with quoteBack to top

Hab jetzt mal eine mit Screensaver laufen. Sieht aber nicht so dolle aus. Man kann zwar die Moleküle drehen und die bewegen sich auch, wers braucht...

Image
Diese läuft gerade mit Amolqc-beta 5.04.
Bugs:
- Statusanzeige nur in Grafik

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Nightbird
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PostPosted: 01.01.2007, 23:56    credits Reply with quoteBack to top

Did you see that "they" cancelled credits for some users (obviously people who are (or were) manipulating files) ?
but they forgot some
Anyway :roll:

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rebirther
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PostPosted: 02.01.2007, 00:07    Re: credits Reply with quoteBack to top

« Nightbird » wrote:
Did you see that "they" cancelled credits for some users (obviously people who are (or were) manipulating files) ?
but they forgot some
Anyway :roll:


No, its new for me. They also want using fixed credits against cheater next time.

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rebirther
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PostPosted: 27.01.2007, 21:28    (No subject) Reply with quoteBack to top

Jetzt mit festen Credits, in nächster Zeit wird das System noch angepaßt und nachvalidiert. Neue WUs mit neuer App verbrauchen ca. 81MB RAM, später dann bis zu 300 oder mehr, also sollte man hier schon bei wenig RAM auch auf eine große Auslagerungsdatei achten.
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rebirther
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PostPosted: 04.03.2007, 22:38    (No subject) Reply with quoteBack to top

Gibt ein Wettbewerb im Designen von Zeugs. Als Gewinn auch ein halbes Jahr Rechenzeit auf eigenen Account!

http://qah.uni-muenster.de/competition.php

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rebirther
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PostPosted: 04.04.2007, 16:21    (No subject) Reply with quoteBack to top

Abgabeschluß für den Wettbewerb ist der 3. Mai 2007!
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rebirther
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PostPosted: 04.05.2007, 09:42    (No subject) Reply with quoteBack to top

Vote jetzt bei QMC für den Design-Wettbewerb:

http://qah.uni-muenster.de/polls.php

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rebirther
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PostPosted: 04.07.2007, 17:23    (No subject) Reply with quoteBack to top

http://qah.uni-muenster.de/winner.php

Rebirther gewinnt 3 Monate Rechenzeit für das Team :)

Leider nur ein Trostpreis, wie man so schön sagt...

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yoyo
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PostPosted: 04.07.2007, 18:22    (No subject) Reply with quoteBack to top

Glückwunsch!!!
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rebirther
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PostPosted: 04.07.2007, 18:30    (No subject) Reply with quoteBack to top

Dank dir yoyo, dir auch, mögen die Credits mit uns sein :P
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yoyo
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PostPosted: 04.07.2007, 18:41    (No subject) Reply with quoteBack to top

Und immer ein paar WUs im Boinc Manager.
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grmbl
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PostPosted: 04.07.2007, 20:56    (No subject) Reply with quoteBack to top

Wie was, du hast gewonnen?
_________________
Die Geschichte der BOINC Confederation.
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rebirther
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PostPosted: 05.07.2007, 20:31    (No subject) Reply with quoteBack to top

« grmbl » wrote:
Wie was, du hast gewonnen?


Nur Sonderpreis mit 3 Monaten :?

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yoyo
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PostPosted: 05.07.2007, 21:09    (No subject) Reply with quoteBack to top

Damit müßte sich ja Dein RAC ab August verdoppeln, oder?
yoyo

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grmbl
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PostPosted: 07.07.2007, 15:31    (No subject) Reply with quoteBack to top

« rebirther » wrote:
Nur Sonderpreis mit 3 Monaten :?

Aber das is doch mal super! Ich würd damit zufrieden sein.

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rebirther
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PostPosted: 23.01.2008, 11:28    (No subject) Reply with quoteBack to top

Projektnews:

Quote:
* QUANTENCHEMIE
Es ist soweit - die ersten Resultate sind publiziert!
http://pubs.acs.org/cgi-bin/abstract.cgi/jpcafh/asap/abs/jp077592t.html
Der Download des ganzen Artikels ist (wie leider haeufig bei wiss. Publ.)
im ersten Jahr nach der Veroeffentlichung kostenpflichtig,
ich werde aber versuchen, ob sich da was machen laesst ...
- hier schon mal ein kleiner Auszug (mehr bald auf der Startseite):

"Acknowledgment. This work was supported by the Deutsche
Forschungsgemeinschaft in the framework of the SFB 424. The
authors thank J. Budde, M. Heinrich, C. Diedrich and C. Mück-
Lichtenfeld for technical assistance and more than 18000
volunteers worldwide for supporting QMC@HOME, especially
K. Marks and D. Sutton."

* QUANTENCHEMIE 2:
Mit den kleineren Systemen ist also alles in Butter und nach zahlreichen
Problemen mit den groesseren Systemen (Peptide, Alkan-Folding, Stacking)
scheine ich nun endlich auch dahinter gekommen zu sein, wo dort die Probleme liegen
und eine Loesung ist (hoffentlich) auch gefunden - die 'verbesserten' Units
heissen *exp-4L und *-ecp2/3 bzw. nachher hoffentlich auch *exp-4l-ecp2/3 ...
- drueckt mir die Daumen!

* TECHNIK:
Wir bekommen irgendwann bis Ende Januar ein Raid fuer den Server
und werden dann gleich einige andere Altlasten auf dem Server entsorgen;
vermutlich werden wir dafuer leider einen Tag vom Netz gehen muessen.

* TECHNIK 2:
Auf der offiziellen BOINC-Projekt-Mailingliste sind wir wegen unserer Credit-Vergabe
angemahnt worden (wir liegen nur knapp ueber der Schmerzgrenze, aber zuviel ist zuviel)
und werden deshalb unsere Cedit-Vergabe in den naechsten Wochen nach unten hin anpassen.
Der Grund fuer die Erhoehung waren Klagen von Nutzern aelterer Systeme,
die nun aber leider damit Leben muessen.

* PROJEKT-STATUS:
Auf der Liste stehen noch das Server-Raid und ein finaler preRC1 Applikations-Release,
dann starten wir (mit den neuen Units und korrigierten Credits) voll durch
in die Produktionsphase (Beta ist ja eigentlich auch nur ein Name - und geruechteweise
sind wir trotz Beta durchaus stabiler als so manches Projekt in der Produktionsphase ... ;-)

* PROJEKT-STATUS 2:
Wir werden immer beliebter und kommen mittlerweile auf fast 35 TFlop/s Rechenleistung,
da ist in uns die Idee gereift, dass wir neben QMC vielleicht noch weitere
Quantenchemie-Probleme mit QMC@HOME angehen koennten
- das Ganze ist allerdings zur Zeit noch furchtbar geheim; ich denke aber mal,
dass eine 'oeffentliche Bekanntgabe' bis Ende Januar erfolgen wird ...
(Rechnungen gibt es natuerlich erst danach und wissenschaftlich bleibt auch alles beim Alten,
sprich bei der Quantenchemie!)

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rebirther
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PostPosted: 28.03.2008, 19:30    (No subject) Reply with quoteBack to top

QMC erweitert die Suche mit neuer (Test)anwendung und ein neues Projektmitglied:

Quote:
Hello,

I would like to introduce myself as a new QMC-Teammember. My name is Robert Hünerbein, I am working on my PhD project in the group of Prof. Grimme as Martin does.

Because of the great successs of QMC@home we have had the idea to possibly extend QMC@home to another quantumchemical method.

The method, I and most of my colleagues in the Grimme group work on is the Density Functional Theory (DFT):
http://en.wikipedia.org/wiki/Density_functional_theory.
Walter Kohn was awarded the Nobel Price for the development of this method in the year 1998. The improvement and application of DFT are very important topics in the field of current theoretical chemistry. Our group leader Prof. Grimme has published many often cited publications in this area.
http://www.uni-muenster.de/Chemie.oc/research/grimme/publications.html

DFT does not yield the same accuracy we aim for with QMC, but is applicable for our daily work as quantum chemists. With your help, we would now like to use this method on a large scale. Therefore, we have modified parts of the program suite ORCA of Prof. Neese from the University of Bonn for the use with Boinc.

ORCA is one of the most modern software packages for quantum chemistry. Prof Neese kindly allowed us to use it for our project. For more information on ORCA visit:
http://www.thch.uni-bonn.de/tc/orca/

We just checked in ORCA as a beta test application. OF COURSE NO USER AUTOMATICALLY TAKES PART IN THIS BETA TEST. Who wants to take part has to explicitly activate a checkbox in their profile:

Mainpage ->
View and modify your account ->
QMC@HOME Preferences ->
Edit QMC@HOME preferences ->
Run test applications? YES

The new application was thoroughly tested. The hardware requirements are slightly different to the ones of amolqc: Probably more RAM and diskspace will be needed. The binaries of ORCA are larger than the ones of amolqc (20-30 MB), the Inputfiles smaller. We do not expect any major problems but as this is the first large testrun ORCA might be more unstable than amolqc together with Boinc. Currently no screensaver graphics are available for the beta app.

We would be very happy if some users would like to betatest the new app.

Questions related to ORCA can be posted to a new subforum or you can email me:
rhuener at uni-muenster dot de

Many thanks in advance.

Robert




Quote:
Hallo zusammen,

heute möchte ich mich als neues QMC-Teammitglied vorstellen. Mein Name ist Robert Hünerbein, ich promoviere wie Martin im Arbeitskreis von Prof. Grimme.

Aufgrund des extrem großen Erfolges von QMC@home hatten wir die Idee, das man möglicherweise auch andere quantenchemische Anwendungen als Quanten Monte Carlo verteilt rechnen könnte.

Die Methode, an der ich und die meisten anderen Arbeitskreismitglieder arbeiten ist die Dichtefunktionaltheorie (DFT) (http://de.wikipedia.org/wiki/Dichtefunktionaltheorie_%28Quantenphysik%29)
für deren Entwicklung Walter Kohn 1998 den Nobelpreis erhielt. Die methodische Verbesserung und auch Anwendung sind wichtige Aufgabenfelder der aktuellen theoretischen Forschung in der Chemie. Unser AK-Leiter Prof. Grimme hat viele vielzitierte Publikationen auf diesen Gebiet vorzuweisen:
http://www.uni-muenster.de/Chemie.oc/research/grimme/publications.html

Diese Methode erreicht zwar nicht die Genauigkeit, die wir mit QMC anstreben, dafür ist sie aber für unsere tägliche Arbeit als Quantenchemiker einsetzbar. Dies würden wir nun auch gerne mit Eurer Hilfe im großen Stil tun. Dafür haben wir Teile des Programmpakets ORCA von Prof. Neese aus Bonn für Boinc angepasst. ORCA ist eines der modernsten Quantenchemie-Pakete, die derzeit erhältlich sind und Prof. Neese hat uns freundlicherweise erlaubt es für unser Projekt zu nutzen. Wer mehr über das Programm erfahren will kann dies auf folgender Seite:
http://www.thch.uni-bonn.de/tc/orca/

ORCA als Boinc-Applikation haben wir soeben mit den ersten Testworkunits online gestellt. UNSERE USER NEHMEN SELBSTVERSTÄNDLICH NICHT AUTOMATISCH AN DEM BETA-TEST DER NEUEN APPLIKATION TEIL. Wer teilnehmen möchte, muss seine Teilnahme explizit in seinem Profil aktivieren. Dazu muss man folgende Schritte ausführen:

Startseite ->
Konto anzeigen & bearbeiten ->
QMC@HOME Einstellungen ->
Edit QMC@HOME preferences ->
Run test applications? YES

Die neue Applikation ist natürlich intern ausgiebig getestet. Sie hat etwas andere Hardwareanforderungen als amolqc: Der RAM und Festplattenbedarf wird langfristig wahrscheinlich höher sein, als der von amolqc. Außerdem sind die Binaries deutlich größer (20-30 MB), die Inputfiles allerdings kleiner. Wir sind relativ sicher, dass es keine größeren Probleme geben wird, aber da es sich um einen ersten Testlauf handelt, verhält sich ORCA unter Umständen instabiler als amolqc unter BOINC. Es gibt auch leider derzeit für die Beta-Applikation noch keinen grafischen Bildschirmschoner.

Es würde uns sehr freuen, wenn sich einige Leute finden würden, die uns auch für die neue Applikation Rechenzeit spenden würden.

Wir richten für alle Fragen, die mit ORCA zusammenhängen ein neues Unterforum ein. Außerdem könnt Ihr mich unter
rhuener at uni-muenster punkt de
erreichen.

Vielen Dank schonmal im vorraus.

Robert

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rebirther
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PostPosted: 05.03.2009, 21:35    (No subject) Reply with quoteBack to top

Quote:
NEWS UPDATE and PROJECT OVERVIEW

Dear all,

first of all I would like to thank all volunteers for supporting our project during the last three years. To me it is still unbelievable and amazing that it is possible to find so many people all around the world interested in the advancement of fundamental science projects. Here is how I see QMC@HOME (QAH) at the moment and what we plan for the future:

* QUANTUM CHEMISTRY *
While the first year of QAH was devoted to basic development, advertising and bug-fixing I continued mainly with research into the parameter-dependence (e.g., simulation ensemble size and time step) of massively parallel QMC calculations in the second year, before the first 'final' calculations on benchmark sets of non-covalently complexes were possible. These systems are not bound by the overlap of orbitals like in the chemical bonds one draws as sticks between atoms, but by interactions between charges, by hydrogen bonds or by van-der-Waals / London / dispersion (however your scientific field calls them) interactions. Such interactions are very important, because they guide the structure and reactivity of biomolecules like DNA, RNA and proteins (and also many non-biological phenomenons), but theoretical predictions of these interactions are very hard to obtain. Our first publication was concerned with QMC calculations on such interactions and was quite a success in our (rather small) scientific community. The improved ('ecp2') calculations on these systems done in the last year will likely result in another publication, but now we are interested to go beyond non-covalently bound systems. We already started to look into covalent interactions (here the breaking and forming of chemical bonds in reactions) with the ISO34 benchmark set (yes, the smaller molecules) and found very challenging - or let's say interesting - results. A publication with our first findings in this field is in preparation and as a first result we will soon switch to a completely new benchmark set developed as part of my PhD thesis for our research into QMC, so that we will finally leave the old test sets with the large organic molecules behind us. With the calculations on the new test set we want to proof a very promising idea to cope with the challenging results mentioned above, but at the moment my idea is of course top-secret ... ;-)

* PROJECT STATE *
January this year I have finished my PhD thesis and from April on I will start work at the Czech Academy of Science in Prague. Nevertheless I will continue to do the QMC research stuff and help with administration, but within the next months my colleague Robert will take over the main project supervision. Robert is working to make use of QAH's computing power for other methods of quantum chemistry and his QMC@HOME/ORCA looks very promising - more information about this can be found in our ORCA forums, managed by Robert (and below in this thread). GPU computing and of course the status change to the production phase are still on our agenda, but I don't think that we will have much more time for it in the next months. (I confess that I simply missed the right moment to declare our project to be in 'production phase' as we of course run very stable at the latest from the second year on.)

Let me finish with a short summary:
- the large biomolecular model systems are successfully done (albeit it may take 1-3 months for the last units and about half a year before everything is published)
- the project will continue with QMC on smaller, more problematic systems (via Amolqc) and new quantum chemistry methods (via ORCA)

Best wishes and thank you very much for you support in the last three years!
Martin

_________________
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rebirther
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PostPosted: 03.12.2009, 18:50    (No subject) Reply with quoteBack to top

Quote:
NEWS UPDATE und PROJEKT-ÜBERBLICK 12/2009

Liebe QMC@HOME-Supporter!

- vielen Dank für Eure unverändert hohe Bereitschaft, unsere Forschung im Bereich der Quantenchemie zu unterstützen! Für unser Projekt haben sich einige kleinere Änderungen ergeben (und außerdem hatten wir eine ziemlich nachlässige Nachrichten-Politik den Sommer über), so das es defintiv an der Zeit ist, mal etwas über den Stand unseres Projektes und unsere Pläne für das nächste Jahr zu berichten:

* PROJEKT-PERSONAL *
In den letzten zwei Jahren wurde das Projekt im Großen und Ganzen von zwei Personen betrieben: Robert für das ORCA-Programm (generelle Quantenchemie, mehr Informationen gibt es im ORCA-Forum: http://qah.uni-muenster.de/forum_forum.php?id=23) und meine Wenigkeit für das Amolqc-Programm (Quanten Monte Carlo Rechnungen - mehr darüber in den restlichen Foren ;-) und allgemeine Projekt-Angelegenheiten. Robert wird Anfang nächsten Jahres seine Doktorarbeit fertigstellen, aber wir haben bereits einen jungen und hochmotivierten Kandidaten, der seine Arbeit weiterführen wird, die weiter in die Richtung von 'ab initio' (d.h. nur auf den zugrundeliegenden Prinzipien der Quantentheorie beruhender) Modellierung organischer und biomolekularer System gehen wird (weiterhin also eher Grundlagenforschung - aber irgendwer muss ja Daten für die Weiterentwicklung von weniger genauen Methoden liefern, die dann für größere Systeme verwendet werden können, z.B. 'protein folding' usw. ;-) Die QMC-Rechnungen bleiben erstmal mein Forschungsfeld; nachdem ich Anfang dieses Jahres meine Doktorarbeit fertiggestellt habe und 7 Monate in Prag etwas mehr über 'biomolecular modeling' lernen (und veröffentlichen :-) durfte, bin ich jetzt wieder voll für QMC da, mittlerweile von der Universität Cambridge aus (hier gibt es hoffentlich bald mehr Informationen darüber: http://www.tcm.phy.cam.ac.uk/~mk642/), aber natürlich weiterhin in Kooperation mit Stefan Grimme an der Universität Münster, der QMC@HOME hosted. Und das führt uns auch gleich zur Wissenschaft ...

* QUANTENCHEMIE *
a) Die QMC-Rechnungen des letzten Jahres beschäftigten sich wiederum mit Benchmark-Sätzen von nicht-kovalent gebundenen Komplexen. Nicht-kovalent meint, dass diese System nicht über chemische Bindungen gebunden sind (die man so gerne als Striche zwischen Atomem malt), sondern über Wechselwirkungen zwischen Ladungen, über Wasserstoff-Brückenbindungen oder durch 'Dispersion'/'van-der-Waals'-Wechselwirkungen. Diese Phänomene sind sehr schwierig auf rein theoretischem Wege zu berechnen, sind aber sehr wichtig für die Beschreibung von so ungefähr allem, was in der Biochemie passiert. Nicht-kovalente Wechselwirkungen sind deshalb ein 'heisses' Thema in der theoretischen Chemie. Unsere QMC Ergebnisse haben wir in dem folgenden Fachartikel publiziert: http://pubs.acs.org/cgi-bin/abstract.cgi/jpcafh/asap/abs/jp077592t.html
b) Mit dem heutigen Tage haben wir aber eine neue Projekt-Phase erreicht: Das nächste Jahr widmen wir uns den kovalent gebundenen System (also den über 'richtige' Bindungen gebundenen) mit dem 'Mindless Benchmarking' Testsatz
(http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ct800511q). Während QMC annähernd ideal für nicht-kovalente Wechselwirkungen geeignet ist, hat es Probleme mit dem Brechen von chemischen Bindungen in chemischen Reaktionen (in gewisser Weise im Gegensatz zu den 'Standard'-Methoden) und wir versuchen jetzt eine Lösung dafür zu finden, um QMC zur (zukünftigen ;-) Methode der Wahl auch in der Quantenchemie zu machen (QMC ist das bereits in der Physik, aber die Probleme, die dort betrachtet werden, sind deutlich verschieden von denen in der Quantenchemie). Der 'Mindless Benchmark' Testsatz besteht aus 165 zufällig zusammengewürfelten chemischen Reaktionen, um sicherzustellen, dass keine (menschliche) 'chemische Intuition' hineinspielt. 'Benchmarking' an sich läuft dann wie folgt: Wenn man an einer Methode arbeitet, muss man sicherstellen, dass das erreichte auch wirklich eine Verbesserung darstellt. Dafür nimmt man einen 'Benchmark' mit einem definierten Satz von Problemen und sehr genauen Referenz-Lösungswerten. Die Qualität der eigenen Methode kann dann bewertet werden, in dem die Werte des Benchmark-Satzes reproduziert und mit den Referenwerten verglichen werden. BENCHMARKING HEISST ALSO NICHT, DASS SINNLOSE TIMING-RECHNUNGEN DURCHGEFÜHRT WERDEN! Es ist vielmehr dafür da, zu zeigen, dass man wirklich eine substantielle Verbesserung erziehlt hat. Eine insgesamt bessere Performance erhoffen wir uns zum Beispiel von der Verwendung einer neuen QMC-Applikation, die wir auf QMC@HOME laufen lassen möchten: CASINO, der QMC-Code der TCM Gruppe an der Universität Cambridge: http://www.tcm.phy.cam.ac.uk/~mdt26/casino2_introduction.html

* PROJEKT-STATUS *
Obwohl offiziell noch 'Beta', laufen wir schon seit nunmehr einigen Jahre sehr stabil (so das ich nur noch auf den richtigen Anlass warte, das 'beta' zu streichen) und wir sind gerade erst auf brandneue Server-Hardware umgezogen, so das wir keine großen technischen Probleme in der nächsten Zeit erwarten.
Dinge die ich im nächsten Jahr an QMC@HOME verbessern möchte sind:
- (zusätzliche) Verwendung des CASINO QMC Programms mit einigen neuen (wissenschaftlichen) Features und 64bit- und GPU-Support
- verbesserter Email/Foren-Support ;-)
- Update der Webseite, insbesondere des wissenschaftlichen Teils
- Erfolgreiche Bewältigung des 'Mindless Benchmark' ...

* ZUSAMMENFASSUNG *
Zum Schluss noch eine kurze Zusammenfassung:
- wir haben wieder mehr Zeit für die User im nächsten Jahr (yippee!)
- die Forschung an nicht-kovalenten Systems ist erstmal abgeschlossen:
http://pubs.acs.org/cgi-bin/abstract.cgi/jpcafh/asap/abs/jp077592t.html
- weiter geht es im kovalenten Wechselwirkungen und dem 'Mindless Benchmark':
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ct800511q
- hoffentlich bald haben wir eine zweite QMC-Applikation mit 64bit- und GPU-Support und einer Menge neuer (wissenschaftlicher) Features
- das ORCA-Projekt wird gleichzeitig weiterentwickelt, um QMC@HOME auch generell für die Quantenchemie nutzbar zu machen

* LAST BUT NOT LEAST *
Falls das obige Fragen offenlässt - bitte Fragen posten!

Vielen Dank nochmal für die Unterstützung unseres Projektes!
Viele Grüße,
Martin

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PostPosted: 13.09.2012, 06:34    (No subject) Reply with quoteBack to top

QMC zieht um, neue Domain bereits registriert aber noch fehlt der Inhalt:

http://qmcathome.org/

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